Das ZMT ist auf ganzheitliche sozial-ökologische Erforschung tropischer Küstenökosystemen wie Mangroven, Seegraswiesen, Korallenriffen, Meeresbuchten, Flussmündungen und Auftriebsgebieten ausgerichtet. Diese Ökosysteme werden durch vielfältige, menschliche Eingriffe durch Fischerei, Aquakultur, Landwirtschaft, Küstenentwicklung oder Industrie gestört.

Diese Aktivitäten führen häufig zu Ressourcenübernutzung, Zerstörung von Lebensräumen, Eutrophierung, Verschmutzung und anderen Auswirkungen. Der weltweite Bevölkerungsanstieg entlang der Küstenregionen – vor allem in den Tropen – und die prognostizierten Umweltveränderungen durch den Klimawandel erfordern intensive Forschungsstudien der tropischen Küstenökosysteme.