Die Ombudsperson ist eine Anlaufstelle zur Umsetzung guter wissenschaftlicher Praxis. Die ZMT-Ombudsperson wird als Vertrauensperson von den wissenschaftlichen Mitarbeitern gewählt. Bei Unstimmigkeiten, Verdachtsmomenten und Streitfragen zur Umsetzung guter wissenschaftlicher Praxis kann man sich an die Ombudsperson als neutrale und qualifizierte Ansprechperson wenden.

Derzeit ist Dr. Achim Meyer die gewählte Ombudsperson am ZMT, er wird verteten durch Dr. Tim Jennerjahn.

In der Praxis sind dies beispielsweise Autorenschaftskonflikte, Verdacht auf Datenmanipulation oder auch Unstimmigkeiten bei der Betreuung des wissenschaftlichen Nachwuchses. Die Anfragen werden auf Wunsch vertraulich behandelt und es überwiegt die Aufgabe der Mediation. Es kann nach Rücksprache mit den Hinweisgeberinnen und Hinweisgebern aber auch ein Untersuchungsausschuss einberufen oder Vorgesetzte informiert und konkrete Sanktionen vorgeschlagen werden.

Geprüft werden die Vorwürfe wissenschaftlichen Fehlverhaltens auf Grundlage der Leitlinie für gute wissenschaftliche Praxis am Leibniz-Zentrum für Marine Tropenforschung durch die nach der ZMT Wahlordnung gewählte Ombudsperson. Den Rahmen für die Anwendung des Ombudsverfahrens setzt die Leitlinie gute wissenschaftliche Praxis in der Leibniz-Gemeinschaft basierend auf dem Kodex der Deutschen Forschungsgemeinschaft  Leitlinien zur Sicherung guter wissenschaftlicher Praxis, dem sich das ZMT rechtsverbindlich verpflichtet. Ergibt sich im Verlauf eines solchen Prüfverfahrens, dass auf der Ebene des ZMT eine abschließende Klärung der Vorwürfe nicht möglich ist, leitet die Ombudsperson den Vorgang an das zentrale Leibniz-Ombudsgremium weiter.